指排污單位向環境保護行政主管部門提出申請后,環境保護行政主管部門經審查發放的允許排污單位排放一定數量污染物的憑證。排污許可證屬于環境保護許可證中的重要組成部分，被廣泛使用。排污許可證制度,是指有關排污許可證的申請、審核、頒發、中止、吊銷、監督管理和罰則等方面規定的總稱。
1、依據不同：城市排水許可證依據《城市排水許可管理辦法》；排污許可證依據《排污許可證管理暫行規定》，北京這邊是依據《北京市排污許可證管理辦法》
2、發放范圍不同：城市排水許可證發放對象是向城市排水光武及其附屬排放污水的排水戶；排污許可證原則上包括所有向環境直接排放或間接排放污水和廢氣污染物的點源排污單位。
3、排放要求不同：僅對于城市納管排水戶來說，城市排水許可證對其水量、入網水質做了規定；排污許可證還增加了污染物總量控制的要求。
4、發證單位不同：城市排水許可證由城建部門負責發放；排污許可證由環 保 部 門 負責發放，
他們之間的聯系是：
1、城市納管排水戶應申領排污許可證和排水許可證。
2、城市納管排水戶排放污水必須滿足排污許可證和排水許可證的要求，即兩種許可證中嚴格的規定。