通用航空企業經營許可證申請流程如下：

注冊通用航空管理系統賬號。

在管理系統提交申請所需材料。

企業住所所在地監管局初審。

寄正式申請紅頭文件到管理局。

管理局終審。

現場驗收。

頒證。