上海食品經營許可證辦理流程如下：

1、填寫好食品經營許可證的申請表。

2、準備法人身份證復印件、從業人員身份證復印件和健康證。制定食品安全管理制度。

3、繪制店鋪的平面圖。提交繳納稅費單據證明，證實自己所使用的水是正規自來水公司提供的。

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4、到當地市場監督管理局提交如下資料：

（1）《食品流通許可申請書》；

（2）《名稱預先核準通知書》復印件；

（3）與食品經營相適應的經營場所的使用證明；

（4）負責人及食品安全管理人員的身份證明；

（5）與食品經營相適應的經營設備、工具清單；

（6）與食品經營相適應的經營設施空間布局和操作流程的文件；

（7）食品安全管理制度文本；

（8）省、自治區、直轄市工商行政管理局規定的其他材料。

5、資料提交成功之后，市場監督管理局會安排人員來看場地。

6、檢查通過后，在一定時間內通知申請人來領取食品經營許可證。