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蛋白質磷酸化和糖基化是常見的蛋白質翻譯后修飾，能在一定程度上影響蛋白質的結構和生物學功能，使被修飾的蛋白質發揮特殊的調控功能。

蛋白磷酸化是在特異性蛋白激酶催化作用下，蛋白氨基酸殘基共價結合三磷酸腺苷（ATP）或三磷酸鳥苷（GTP）的過程。該修飾是可逆的，在蛋白磷酸酶的作用下，蛋白質可以發生去磷酸化。

蛋白磷酸化位點分析即鑒定蛋白質磷酸化發生在肽鏈的幾號位氨基酸上以及發生在何種氨基酸上。可通過磷酸酶法、串聯質譜測序法等方法進行檢測，其思路大致為將樣品蛋白進行酶解，得到肽段混合物，特異性識別并富集發生磷酸化的肽段，再對該肽段的氨基酸序列進行分析，找出發生磷酸化的位點。

蛋白糖基化修飾在真核生物中非常普遍，幾乎有一半以上的蛋白質發生了這種修飾。蛋白糖基化一般發生在特定位點的氨基酸殘基上，根據發生糖基化修飾的氨基酸位點以及結合的糖鏈類型，可以將糖基化修飾分為N-糖修飾、O-糖修飾以及糖基磷脂酰肌醇錨三類。

蛋白糖基化位點分析主要研究蛋白質在哪個氨基酸位點發生何種糖基化。其大致的分析策略是先檢測或確定糖蛋白的存在并對其進行富集分離；利用生物質譜結合蛋白酶或專一性糖苷內切酶的作用對收集的糖蛋白進行糖基化氨基酸位點鑒定，再將糖基化位點進行特異的質量標記使之與未發生糖基化的蛋白質之間存在一定的質量差異，通過質譜分析檢測這些差異，進而通過串聯質譜鑒定該糖基化修飾發生的氨基酸位點；zuì后進行糖鏈結構鑒定以確定發生的糖基化類型，這是整個鑒定工作中zuì難zuì復雜的一步，目前主要采用基質輔助激光解吸電離質譜（MALDI-TOF-MS）和核磁共振

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